丙子（二十一日），薛延陀使者告辞返回，太宗对他说：“我和你们约定与突厥以大漠为界，有相互侵犯的，我就讨伐。你们依仗自己的强盛，越过沙漠攻打突厥。李世积率领的才几千骑兵，你们已经狼狈到这种地步！回去告诉可汗：凡是行动的利害得失，要好好选择合适的。”
21太宗问魏徵：“近来朝臣为什么都不议论事情？”魏徵回答说：“陛下虚心采纳意见，一定会有说话的人。大凡臣子为国献身的少，爱惜自身的多，他们害怕获罪，所以不说话。”太宗说：“对。臣子向君主进言违背旨意，动不动就涉及刑杀，和那些赴汤蹈火冒白刃的人有什么不同呢！所以禹拜谢善言，（胡三省注：见《尚书·三谟》。）确实是因为这个原因。”
小主，
房玄龄、高士廉在路上遇到少府少监窦德素，（胡三省注：秦设置少府，掌管山泽的税收，汉掌管内府珍货。梁开始设为卿，隋改为监；唐从三品，少监从四品，掌管供给百工技巧之事，凡是天子的服饰，百官的礼仪制度，陈列贡品准备物品，都率领下属供给。）问：“北门近来在营建修缮什么？”窦德素上奏了这件事。太宗发怒，责备房玄龄等说：“你们只知道南牙的政事，北门的小营建，和你们有什么关系！”（胡三省注：唐正衙在南，所以叫南牙；玄武门在北，叫北门。刘冯《事始》：兵书说：牙旗，是将军的精神所在。凡是开始建立牙旗，一定要在制日。制日，是那个时辰在五行中，以上克下的日子。又《尚书纬》说：门旗二面八幅，红色，大将牙门的旗，出来引导将军在前列。又《黄帝出军诀》说：牙旗，是将军的精神；金鼓，是将军的气势。《周礼·司常职》说：军队聚会设置旌门。以旌为门，就是旗门。后世军中于是设置牙门将，又有牙兵；掌管这些士兵，以押衙为名。至于官府，早晚军吏两次拜见，也称为衙。称呼熟悉后，即使天子正殿接受朝见，也称为正衙。）房玄龄等拜谢。魏徵进言说：“我不知道陛下为什么责备房玄龄等，而房玄龄等又谢罪什么！房玄龄等是陛下的得力助手和耳目，对朝廷内外的事情难道有不应该知道的吗！如果所营建的是对的，应当帮助陛下完成；如果是错的，应当请求陛下停止。向有关部门询问，按理是应该的。不知道他们犯了什么罪而被责备，又有什么罪而谢罪呢！”太宗非常惭愧。
22太宗曾经在朝堂上对侍臣说：“我作为君主，常常兼做将相的事情。”给事中张行成退朝后上奏书，认为：“禹不夸耀自己而天下没有人能和他争功。（胡三省注：《尚书》：舜对禹说：你只要不夸耀，天下就没有人能和你争能；你只要不骄傲，天下就没有人能和你争功。）陛下平定动乱恢复正常秩序，大臣们确实比不上陛下的光辉；然而不必在朝堂上说这些。以天子的尊贵，却和大臣们争功比能，我私下里认为陛下不应该这样做。”（胡三省注：乘，指车辆。为，指认为。）太宗非常赞同。
贞观十六年（壬寅，642年）
1春季，正月，乙丑（初九），魏王李泰献上《括地志》。李泰爱好学习，司马苏勖劝说李泰，认为古代的贤王都招纳士人着书，所以李泰上奏请求修撰。（胡三省注：当时李泰上奏引荐萧德言、颜胤、蒋亚卿、许偃等在府中修撰。）于是大开馆舍，广泛延请当时的贤才，人才聚集，门庭若市。李泰每月的供给超过太子，谏议大夫褚遂良上奏疏，认为：“圣人制定礼仪，尊重嫡子轻视庶子，世子的用度不计算，和王者共同使用。（胡三省注：《周礼》：王及世子只有膳食不计算，其他服饰物品，世子还是都计算。）庶子即使受宠爱，也不能超过嫡子，这是为了堵塞嫌疑的苗头，消除祸乱的根源。如果应当亲近的人被疏远，应当尊贵的人被轻视，那么奸佞巧诈之人，就会趁机行动。从前汉窦太后宠爱梁孝王，最终他忧愁而死；（胡三省注：见《汉景帝纪》。）宣帝宠爱淮阳宪王，也几乎导致祸败。（胡三省注：见《宣帝纪》《元帝纪》。）如今魏王刚出宫，应该用礼仪规则来教导他，用谦虚节俭来训诫他，才能成为有用的人才，这就是所说的‘圣人的教化不严厉而能成功’。”（胡三省注：《孝经》记载孔子的话。）太宗听从了他的意见。
太宗又命令李泰迁居武德殿；魏徵上奏书，认为：“陛下宠爱魏王，常想让他安全，应当经常抑制他的骄奢，不让他处于嫌疑之地。如今移居这座宫殿，就在东宫的西边，海陵王（李元吉）从前曾经住在这里，当时人认为不合适；虽然时代不同事情不同，然而也恐怕魏王的心里不能安宁。”太宗说：“差点造成这个错误。”立刻让李泰返回府第。
2辛未（十五日），迁移死罪囚犯充实西州（今新疆吐鲁番市），那些犯流放、徒刑罪的就充军，各按罪行轻重规定年限。
3下令全国搜括游荡没有户籍的人，限明年年底前登记完毕。
4任命兼中书侍郎岑文本为中书侍郎，专门掌管机密事务。（胡三省注：中书侍郎二名。当时单独任用岑文本，所以专门掌管机密。）
5夏季，四月，壬子（二十七日），太宗对谏议大夫褚遂良说：“你还掌管起居注，（胡三省注：《唐六典》说：汉献帝及西晋以后，各帝都有起居注，都是史官所记录。隋设置起居舍人，开始成为官职，列为侍臣，专门掌管这件事。每季为一卷，送交给史官。那些以其他官职兼任的，就称为知起居注。）所写的可以看吗？”褚遂良回答说：“史官记录君主的言行，详细记载善恶，希望君主不敢做坏事，没听说过自己拿来观看的！”太宗说：“我有不好的地方，你也会记录吗？”（胡三省注：邪，语气词。）褚遂良回答说：“我的职责应当执笔记录，（胡三省注：《礼记·曲礼》说：史官拿着笔。）不敢不记录。”黄门侍郎刘洎说：“假使褚遂良不记录，天下人也都会记录。”太宗说：“确实是这样。”
小主，
6六月，庚寅（初六），下诏息隐王（李建成）可以追复为皇太子，海陵剌王（李元吉）追封为巢王，（胡三省注：息王、海陵王，都是太宗即位后追封的。）谥号都按原来的。
7甲辰（二十日），下诏从今以后皇太子出行使用府库物品，有关部门不要限制。于是太子取用无度，左庶子张玄素上奏书，认为：“周武帝平定山东，隋文帝统一江南，勤劳节俭爱护百姓，都是贤明的君主；有儿子不贤，最终灭亡了宗祀。（胡三省注：指天元帝和隋炀帝。）圣上因为殿下是父子关系，事情兼及家国，所应用的物品不加以限制，恩旨下达不到六天，用物已经超过七万，骄奢到了极点，谁说有超过这个的！何况宫中的正直官员，不曾在身边；一群奸邪淫巧之人，亲近在深宫。在外面的人看到，已经有这样的过失；在宫中的隐秘事情，难道能数得过来！苦药利于治病，忠言利于行事，（胡三省注：根据张良的话而加以品评。）希望殿下居安思危，一天比一天谨慎。”太子厌恶他的上书，命令户奴等候张玄素早上上朝，（胡三省注：户奴、官奴，掌管守门户。）暗中用大马箠打他，差点打死。
8秋季，七月，戊子（初五），任命长孙无忌为司徒，房玄龄为司空。
9庚申（初七），下诏：“从今以后有自残身体的，依法加罪，仍然要承担赋税徭役。”隋末赋税徭役繁重，人们往往自己折断肢体，称为“福手”“福足”；到这时遗风还在，所以禁止。
10特进魏徵生病，太宗亲手写诏书慰问，并且说：“几天不见，我的过错多了。现在想亲自去，恐怕更让你劳累。如果有什么见闻，可以封上状子呈上来。”魏徵上奏说：“近来弟子欺凌老师，奴婢轻视主人，下属多轻视上级，都有原因才这样，这种风气不能助长。”又说：“陛下临朝，常说要极其公正，退朝后行事，未免有私情偏见。有时害怕别人知道，就横加威怒，想掩盖反而更明显，最终有什么好处！”魏徵的住宅没有正堂，太宗命令拆下小殿的材料来建造，（胡三省注：程大昌说：魏徵的住宅在丹凤门直出南面永兴坊内。）五天建成，还赐给他素屏风、素褥、几、杖等以满足他的崇尚。魏徵上表谢恩，太宗亲手写诏书说：“安排你到这个位置，是为了百姓和国家，难道是为了我一个人，为什么要过分谢恩！”
11八月，丁酉（十六日），太宗说：“当今国家什么事情最急迫？”谏议大夫褚遂良说：“如今四方没有忧患，只有太子、诸王应该有固定的名分最急迫。”太宗说：“这话对。”当时太子李承乾失德，魏王李泰受宠爱，大臣们每天有怀疑议论，太宗听说后厌恶，对侍臣说：“当今大臣，忠诚正直没有超过魏徵的，我派他辅佐太子，来断绝天下人的怀疑。”九月，丁巳（初六），任命魏徵为太子太师。魏徵病情稍好，到朝堂上表推辞，太宗亲手写诏书告诉他：“周幽王、晋献公，废嫡立庶，危害国家灭亡家族。（胡三省注：周幽王废太子而立褒姒的儿子，被犬戎杀死，周室于是衰微。晋献公废世子，立骊姬的儿子，晋国大乱。）汉高祖差点废太子，依靠四皓才安定。（胡三省注：见《汉高祖纪》及《考异》。）我如今依靠你，就是这个意思。知道你生病，（胡三省注：《说文解字》：病，是疾病加重。）可以躺着辅佐他。”魏徵于是接受诏令。
12癸亥（十二日），薛延陀真珠可汗派遣他的叔父沙钵罗泥熟俟斤来请求通婚，献上三千匹马，三万八千张貂皮，一个马脑镜。
13癸酉（二十二日），任命凉州都督郭孝恪代理安西都护、西州刺史。高昌的旧民和镇兵及谪徙的人杂居在西州，（胡三省注：镇兵，指镇守的士兵。谪徙，指死罪流放谪徙的人。）郭孝恪以诚相待安抚治理，都得到他们的欢心。
14西突厥乙毗咄陆可汗杀死沙钵罗叶护后，吞并了他的部众，又攻打吐火罗，消灭了它。（胡三省注：杜佑说：吐火罗一名土壑宜，后魏时吐呼罗建都在葱岭西五百里，在乌浒河南边，就是妫水。）自恃强大，于是骄傲傲慢，拘留唐朝使者，侵犯西域，派兵侵犯伊州（今新疆哈密市）；郭孝恪率领二千轻骑兵从乌骨（今新疆哈密市西）拦击，打败了他们。乙毗咄陆又派遣处月、处密二部包围天山（今新疆托克逊县北），（胡三省注：西州西南有南平、安昌两城，又一百二十里到天山军。）郭孝恪击退他们，乘胜进军攻克处月俟斤居住的城，追击到遏索山（今新疆乌鲁木齐市西南），降服处密的部众后返回。
起初，高昌平定后，每年调发一千多士兵戍守那里，褚遂良上奏疏，认为：“圣王治理天下，先华夏而后夷狄。陛下出兵攻取高昌，几个郡萧条，多年不能恢复；（胡三省注：不复，不能恢复到太平时期的旧貌。）每年调发一千多人屯戍，远离乡里，破产置办行装。又谪徙罪犯，都是无赖子弟，只足以骚扰边境，怎么能对军队有好处！所派遣的多又逃亡，徒然麻烦追捕。加上路途经过的地方，沙漠千里，冬天的风像刀割，夏天的风像火烧，行人往来，遇上的多死亡。假使张掖（今甘肃张掖市）、酒泉（今甘肃酒泉市）有烽火警报，陛下难道能得到高昌一个人的力量、一斗粟的用处，最终还要征发陇右各州的兵力粮食去救援。然而河西是中原的心脏；高昌是别人的手足；为什么要耗费根本来治理无用的土地呢！而且陛下得到突厥、吐谷浑，都不占有他们的土地，为他们立君主来安抚他们，高昌难道不能和他们相比吗！反叛就捉拿他们，臣服就封他们，刑罚没有比这更威严的，恩德没有比这更深厚的。希望另选高昌子弟中可以立为君主的，让他统治国家，子子孙孙，承受大恩，永远作为唐室的藩属，内安外宁，不也很好吗！”（胡三省注：《考异》说：《贞观政要》记载褚遂良的奏疏说：“几个郡萧条，五年不能恢复。”下面说“十六年，西突厥派兵，侵犯西州。”按《实录》，这年只有西突厥侵犯伊州，没说侵犯西州，大概因为伊州隶属于西州属部，所以这样说。从十四年消灭高昌，到这年刚三年，怎么能说五年不能恢复！或许“三”字误为“五”字。《旧唐书》把这篇奏疏放在十八年，大概也是因此而错误。十八年没有西突厥侵犯西州的事，所以附在这里。）太宗不听。等到西突厥入侵，太宗后悔，说：“魏徵、褚遂良劝我重新立高昌王，我不听他们的话，如今正在自责啊。”
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乙毗咄陆向西攻打康居（今乌兹别克斯坦撒马尔罕），路过米国（今乌兹别克斯坦撒马尔罕东南），打败了它。（胡三省注：米国，又叫弥末，又叫弭秣贺，治所在末息德城，北百里距离康居国。）俘获很多，不分给他的部下，他的将领泥熟啜擅自夺取，乙毗咄陆发怒，斩杀泥熟啜示众，部众都愤怒怨恨。泥熟啜的部将胡禄屋袭击他，乙毗咄陆的部众逃散，逃到白水胡城（今哈萨克斯坦奇姆肯特东）据守。于是弩失毕各部及乙毗咄陆所部屋利啜等派遣使者到朝廷，请求废黜乙毗咄陆，另立可汗。太宗派遣使者带着玺书，立莫贺咄的儿子（胡三省注：莫贺咄见一百九十三卷二年。）为乙毗射匮可汗。乙毗射匮立为可汗后，全部礼貌地遣返乙毗咄陆扣留的唐朝使者，率领部下在白水胡城攻打乙毗咄陆。乙毗咄陆出兵迎击，乙毗射匮大败。乙毗咄陆派遣使者招抚他原来的部落，原来的部落都说：“即使我们一千人战死，一人独自存活，也不会跟随你！”乙毗咄陆自知不被部众归附，于是向西逃奔吐火罗（今阿富汗北部）。（胡三省注：《考异》说：《旧唐书·突厥传》说：“都护郭孝恪打败咄陆。十五年，屋利啜等请求立可汗。”按上面已经说“十五年册授沙钵罗叶护可汗”，下面不应该再说“十五年”，怀疑“六”字误为“五”字。二十年，《实录》叙述咄陆兵散，居住在白水胡城的事，也说“这年是贞观十五年”。按十六年《实录》，“九月癸酉，任命凉州都督郭孝恪为安西都护。”那么咄陆侵犯伊州应该在之后，怎么能十五年已经败散呢！《突厥传》错误，大概也是因为这个。现在因为郭孝恪为都护，一起说。乙毗咄陆继位的事见上卷十二年。）
15冬季，十月，丙申（十六日），殿中监郢纵公宇文士及去世。（胡三省注：贺琛《谥法》：败坏法度叫纵；懈怠德行败坏礼仪叫纵。）太宗曾经停在树下，喜爱这棵树，宇文士及跟着不停地赞美，太宗严肃地说：“魏徵常劝我远离奸佞之人，我不知道奸佞之人是谁，心里怀疑是你，如今果然不错！”宇文士及叩头谢罪。
16太宗对侍臣说：“薛延陀在漠北倔强，如今控制他们只有两个办法，如果不是发兵消灭他们，就和他们通婚来安抚他们，两个办法选哪个？”房玄龄回答说：“中原刚安定，战争凶险，我认为和亲有利。”太宗说：“对。我作为百姓的父母，如果可以对他们有利，何必吝惜一个女儿！”
先前，左领军将军契苾何力的母亲姑臧夫人及弟弟贺兰州都督沙门都在凉州（今甘肃武威市），（胡三省注：铁勒各部刚投降时，以契苾部设置榆溪州，后来又分设贺兰州。契苾何力来投降，见一百九十四卷六年。）太宗派遣契苾何力回去省亲，并且安抚他的部落。当时薛延陀正强盛，契苾部落都想归附薛延陀，契苾何力大惊说：“主上的厚恩像这样，怎么能突然反叛！”他的部下说：“夫人、都督先已经到了那里，怎么能不去！”契苾何力说：“沙门孝顺父母，我忠诚君主，一定不跟随你们。”他的部下抓住他到薛延陀，放在真珠可汗的牙帐前。契苾何力伸开两腿坐着，拔出佩刀向东大喊说：“难道有唐朝的烈士在敌虏庭前受屈辱的吗，天地日月，希望知道我的心！”于是割下左耳发誓。真珠可汗想杀他，他的妻子劝谏才作罢。
太宗听说契苾何力反叛，说：“一定不是契苾何力的本意。”身边的人说：“戎狄气味相投，契苾何力进入薛延陀，就像鱼游向水一样。”太宗说：“不对。契苾何力心如铁石，一定不会背叛我。”恰逢有使者从薛延陀来，详细说明了情况，太宗为他流下眼泪，对身边的人说：“契苾何力果然怎么样？”立刻命令兵部侍郎崔敦礼持符节晓谕薛延陀，把新兴公主嫁给真珠可汗，来换回契苾何力，（胡三省注：新兴公主，是太宗的女儿。）契苾何力因此得以返回，被任命为右骁卫大将军。
17十一月，丙辰（初六），太宗在武功（今陕西武功县）狩猎。